A Faculdade de Filosofia foi criada em 2010 pela Deliberação n°01/CUN/2010. É uma Unidade Orgânica da Universidade Eduardo Mondlane que se ocupa da formação superior e da investigação científica no domínio das Ciências Filosóficas, cabendo-lhe formar filósofos qualificados, com uma visão humanista, crítica e reflexiva que possam contribuir para o desenvolvimento de uma sociedade de conhecimento e de valores.
A Faculdade de Filosofia, iniciou as suas actividades em Março de 2010, nas instalações da Escola Anglicana São Cipriano de Maputo, tendo no ano seguinte passado para o campus principal da UEM, onde atualmente se encontra em atividades.
A Faculdade de Filosofia lecciona três níveis, designadamente: curso de Licenciatura, Mestrado e Doutoramento.